Orca raconte l'histoire d'un homme, le capitaine Nolan, et d'un épaulard (autre nom de l'orque). Avec son équipage, Annie, Paul et Novak, Nolan pêche le requin. Il revend les animaux qu'il capture à des aquariums. Un jour, il rencontre Rachel, une professeur d'université qui voue une passion pour les épaulards. Nolan se met alors en tête d'attraper un de ces animaux, en espérant en tirer un profit plus important. Lors de sa tentative de capture, il blesse mortellement un épaulard femelle qui était sur le point de mettre bas. Dès lors, le mâle, furieux, prend en chasse le bateau du capitaine. Il le poursuivra jusqu'à ce qu'il obtienne sa vengeance.